Cada una de  esta crisis está ratificada por el mismo Seldon, que hace su aparición en forma holográfica, durante o al término de las mismas, y de esa manera informa que el plan se desarrolla según lo previsto.

«Fundación e Imperio» se divide en dos partes. En la primera se describe el enfrentamiento con el Imperio, muy debilitado pero aún poderoso, que todavía existe en el centro galáctico.

Asimov pone en manos del general Bel Riose —casi un anagrama de Belisario, general del Imperio Romano—, la ingrata tarea de acabar con la Fundación —suceso ya anticipado por la psicohistoria—. Bel Riose gana batallas y hace retroceder a las fuerzas de Términus, pero no entiende como es que, a pesar de estar perdiendo la guerra, siguen confiando ciegamente en la victoria final. "La mano muerta de Hari Seldon" —parafraseando al general Bel Riose— con sus cálculos psicohistóricos derrotan al Imperio definitivamente, alejando para siempre la posibilidad de un resurgimiento y dando a la Fundación el dominio de la mitad de la galaxia.

En la segunda parte de esta novela aparece en escena el Mulo, un poderoso mutante capaz de sentir la emociones ajenas y manipularlas.

Los habitantes de Términus creen que la crisis generada por el Mulo es parte del plan psicohistórico de Seldon, pero ignoran que las leyes de la psicohistoria solo predice hechos basados en cálculos estadísticos que se aplican a grandes multitudes de personas, por lo que la aparición de un mutante con poderes paranormales no entra en las ecuaciones originales. La todopoderosa Fundación se enfrenta por primera vez a un enemigo imprevisto y es derrotada.

El Mulo, una vez amo y señor del territorio dominado por Términus, se dedica a buscar a la Segunda Fundación —que todos saben que existe pero no donde fue emplazada—. Su fracaso en este objetivo se debe a Baita Darell, la protagonista de la segunda parte de la novela, y la única persona cuya mente el Mulo se negó a manipular. De esta manera el éxito del mutante no llega a ser completo al no poder eliminar en su totalidad la obra de Hari Seldon.