«Segunda Fundación» también está dividida en dos partes, en la primera se describe la búsqueda de esta Fundación por parte del Mulo, y aparecen sus miembros por primera vez. El mutante —que ahora se hace llamar Primer Ciudadano—, ha descubierto mentes manipuladas, pero para su sorpresa, no por él.

La conclusión a la que llega es que esa otra Fundación, que no ha podido encontrar a pesar de todos los esfuerzos y recursos invertidos, ha entrado en acción y también puede manipular las emociones. En una misión secreta envía al general Han Pritcher —converso mediante los poderes del Mulo— y a Bail Channis —con la mente intacta—, en busca del emplazamiento de la misteriosa entidad.

Los miembros del Consejo de la Segunda Fundación, conocedores de los planes del Primer Ciudadano, trazan sus planes para contraatacar y detenerlo, objetivo que logran luego de una lucha mental entre el Primer Orador —jefe del Consejo—, y el Mulo.

Al ser finalmente eliminada la amenaza del mutante, la tarea de la Segunda Fundación es volver a encarrilar la historia tal y como la había previsto Seldon. Queda así al descubierto para los habitantes de la Primera Fundación, que su papel en el interregno de 1000 años entre los imperios, es llevar a la acción los hechos planificados por la psicohistoria —circunstancia que ya conocían—, pero vigilados y amparados por la Segunda Fundación —de la que hasta ahora sabían de su existencia pero no su función.

La segunda parte de la novela se desarrolla 50 años después de la muerte del Mulo. Los habitantes de Términus se sienten confiados sabiendo que la Segunda Fundación los protege. Sin embargo, hay un pequeño grupo de personas que conspiran para encontrar y eliminar a su misteriosa protectora; no quieren que sus destinos estén  fijados de antemano y que la Primera Fundación no sea quien tiene el verdadero poder.

La protagonista de esta segunda parte es Arcady Darell, nieta de Baita, la heroína que había detenido los planes de conquista del Mulo. Ella y los conspiradores, entre los que se halla su padre, encuentran y eliminan a los miembros de la Segunda Fundación, se esa forma quedan libres para llevar a cabo por su propia cuenta el "Plan Seldon".