El plan inicial de los guionistas de Chuck era hacer un arco de trece episodios para la tercera temporada, tal y como habían acordado con la NBC. Pero finalmente la cadena del pavo, quizá al verse sin apuestas fuertes para la siguiente campaña, decidió añadir seis episodios más a este arco, cuando los guionistas, en concreto Chris Fedak, ya tenía escrita la trama. De este modo, el último episodio que se ha emitido, Chuck vs The Other Guy (3x13), ha supuesto el final que tenían pensado los guionistas. A partir de aquí spoilers.

La trama de éstos trece episodios ha sido bastante simple.

Se ha centrado en la relación entre Chuck y Sarah, añadiendo nuevos episodios con dos actores del mundo de Superman como son Kristen Kreuk (Hannah) y Brandon Routh (Daniel Shaw) que complicaron un poco la cosa.

Hemos visto la evolución de Chuck con el nuevo Intersect instalado en su cabeza y los problemas que eso le supone (a Lester aún le debe doler la mandíbula). Además, la mayoría de personajes han evolucionado.

Morgan es, quizá, el que se ve más a simple vista que ha cambiado. Sabiendo el secreto de Chuck, ha visto una entrada de aire fresco en su vida y ve que puede convertirse en aquello que siempre solo vio des de el otro lado del videojuego: ser un espía. "Captain Awesome" también ha visto las consecuencias, en este caso negativo, de conocer el secreto de su cuñado.